Τα προγράμματα άσκησης ενισχύουν τις βελτιώσεις που επιφέρει η φυσιοθεραπεία. Για παράδειγμα, η τενοντίτιδα απαιτεί ασκήσεις για τη «θρέψη» των τενόντων, ενώ η άσκηση αποτελεί κλειδί για την αποκατάσταση σε μακροχρόνια οσφυαλγία λόγω ατροφίας των βαθιών σταθεροποιητικών μυών και λανθασμένων μοτίβων κίνησης των μυών. Σε πολλές περιπτώσεις, η άσκηση είναι επίσης απαραίτητη για την πρόληψη της επανεμφάνισης του προβλήματος.
Οι ασθενείς καθοδηγούνται και επιβλέπονται για να διασφαλίσουμε ότι εκτελούν σωστά τις ασκήσεις ενώ συζητούν με τον θεραπευτή τους πώς να  εξελίξουν το ασκησιολόγιο τους σε συχνότητα, ένταση και βάθος χρόνου. Ως εκ τούτου, οι σωστές ασκήσεις για κάθε ασθενή ξεχωριστά μπορούν να μειώσουν τα συμπτώματα και τον χρόνο ανάρρωσης, καθώς και να επηρεάσουν τη μετέπειτα πρόοδο. Η θεραπευτική άσκηση είναι απαραίτητη όχι μόνο για μυοσκελετικά προβλήματα, αλλά και για νευρολογικές και αναπνευστικές παθήσεις. Υπάρχουν ειδικά προγράμματα άσκησης τόσο για τη θεραπεία (εγκεφαλικό επεισόδιο, νόσος του Πάρκινσον, σκλήρυνση κατά πλάκας) όσο και για την πρόληψη πιθανών υποτροπών.